VeriFactu y facturas exentas de IVA: cómo facturar correctamente los servicios sanitarios
Una de las dudas más habituales entre psicólogos, logopedas, fisioterapeutas y responsables de clínicas sanitarias es si las facturas de sus servicios deben cumplir los requisitos de VeriFactu cuando están exentas de IVA.
La confusión es comprensible. Muchos profesionales sanitarios prestan servicios a los que no se aplica IVA y pueden pensar que esta circunstancia también los excluye de las nuevas obligaciones relacionadas con los sistemas informáticos de facturación.
Sin embargo, una factura exenta de IVA puede estar sujeta a los requisitos de VeriFactu. La exención del impuesto y las obligaciones relativas al sistema informático que genera las facturas son cuestiones diferentes.
Además, no todos los servicios prestados por una clínica tienen necesariamente el mismo tratamiento fiscal. Una consulta de psicología puede ofrecer psicoterapia sanitaria exenta de IVA y desarrollar simultáneamente otras actividades que sí estén sujetas al impuesto.
En este artículo explicamos cómo se relacionan VeriFactu y las facturas exentas de IVA, qué ocurre con los servicios de psicología y otras especialidades sanitarias, cómo reflejar correctamente las exenciones y qué errores conviene evitar al organizar la facturación de una clínica.
¿Las facturas exentas de IVA tienen que cumplir VeriFactu?
Sí, pueden tener que cumplirlo. La exención de IVA de una operación no supone, por sí misma, que su facturación quede excluida del Reglamento de requisitos de los sistemas informáticos de facturación.
El Real Decreto 1007/2023 establece requisitos técnicos para determinados sistemas informáticos utilizados por empresarios y profesionales en sus procesos de facturación.
Su aplicación depende del ámbito subjetivo y territorial de la norma, de las características de la actividad y de las obligaciones de expedición de facturas.
Por tanto, es necesario distinguir:
- Exención de IVA: determina que una operación no lleva IVA repercutido cuando cumple los requisitos legales correspondientes.
- Obligación de expedir factura: determina cuándo debe emitirse un documento fiscal por una operación.
- Aplicación del reglamento de sistemas informáticos de facturación: determina qué requisitos debe cumplir el programa utilizado cuando la operación y el obligado se encuentran dentro de su ámbito.
Estas tres cuestiones están relacionadas, pero no son equivalentes.
Por ejemplo, un psicólogo puede realizar una sesión sanitaria exenta de IVA y estar obligado a expedir factura. Si utiliza un sistema informático sujeto al reglamento, deberá cumplir sus requisitos cuando estos resulten aplicables.
La Agencia Tributaria aclara, además, que determinadas operaciones exentas para las que no existe obligación de expedir factura pueden quedar fuera del reglamento. Por eso no sería correcto afirmar que todas las operaciones exentas están sometidas automáticamente a VeriFactu.
La clave está en analizar la obligación de facturar y las condiciones de aplicación del sistema, no únicamente el porcentaje de IVA.
¿Por qué los servicios sanitarios pueden estar exentos de IVA?
La exención de determinados servicios sanitarios se encuentra regulada en el artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992 del Impuesto sobre el Valor Añadido.
Esta disposición contempla las prestaciones de asistencia a personas físicas realizadas por profesionales médicos o sanitarios, incluidos determinados profesionales como los psicólogos y logopedas, en los términos legalmente establecidos.
La exención comprende servicios sanitarios relacionados con la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de enfermedades.
Para determinar si una prestación está exenta deben analizarse fundamentalmente dos aspectos:
- La cualificación profesional y los requisitos legalmente aplicables a quien presta el servicio.
- La finalidad sanitaria real de la intervención.
No basta con que el servicio se preste dentro de una clínica ni con que el profesional tenga una titulación relacionada con la salud.
Lo determinante es que la prestación reúna las condiciones de la exención establecida por la normativa tributaria.
Ejemplo: una sesión de psicoterapia sanitaria
Un psicólogo sanitario realiza una sesión de tratamiento psicológico por un importe de 70 euros.
Si el servicio cumple los requisitos de la exención sanitaria, la factura no incluirá una cuota de IVA repercutido.
| Concepto | Importe |
|---|---|
| Sesión de psicología sanitaria | 70,00 € |
| IVA | Exento |
| Total | 70,00 € |
La factura puede incorporar una referencia como:
Operación exenta de IVA conforme al artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992.
La exención no impide que el documento deba incluir el resto de los datos exigidos por la normativa de facturación y, cuando corresponda, los elementos establecidos para los sistemas informáticos sujetos al reglamento.
¿Una factura exenta de IVA es lo mismo que una factura con IVA al 0 %?
No. Esta distinción resulta especialmente importante al configurar un programa de facturación.
Una operación exenta de IVA y una operación gravada a un tipo del 0 % no representan necesariamente la misma situación fiscal.
También son diferentes de las operaciones no sujetas al impuesto.
| Tratamiento | Significado |
|---|---|
| Operación exenta | La operación está sujeta al IVA, pero se aplica una exención legal. |
| Operación al 0 % | La operación tributa al tipo impositivo del 0 % cuando así lo establece la normativa. |
| Operación no sujeta | La operación no queda sometida al impuesto por las reglas legales correspondientes. |
En una clínica de psicología, una prestación sanitaria exenta no debería configurarse simplemente como una operación genérica de IVA al 0 % si el programa distingue las diferentes categorías tributarias.
La clasificación correcta permite identificar la causa de exención en los registros fiscales.
Esta diferencia también puede afectar al tratamiento de las operaciones en los libros registro y en las declaraciones tributarias.
Por tanto, que la cuota de IVA sea cero no significa que la causa fiscal sea siempre la misma.
¿Qué código de exención corresponde a las facturas sanitarias en VeriFactu?
Las especificaciones técnicas de los registros de facturación permiten identificar las operaciones exentas mediante claves fiscales.
En los registros que utilizan las claves E1 a E6, las exenciones del artículo 20 de la Ley del IVA se identifican, con carácter general, mediante la clave E1.
Por ello, una prestación sanitaria exenta conforme al artículo 20.Uno.3.º se corresponde normalmente con esa causa de exención cuando el registro utiliza dichas claves.
Esto no significa que el profesional deba introducir manualmente un código E1 en todas las facturas que entrega a sus pacientes.
La clave corresponde al tratamiento fiscal del registro informático y su utilización depende del funcionamiento del sistema.
Lo importante es que el servicio esté correctamente clasificado y que el programa genere los datos fiscales adecuados.
Por ejemplo:
- Servicio: psicoterapia sanitaria.
- Importe: 70 euros.
- Tratamiento: operación exenta de IVA.
- Fundamento: artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA.
- Clave técnica de exención: E1, cuando corresponda al formato del registro.
Una configuración incorrecta puede provocar que una operación exenta se clasifique indebidamente como no sujeta o como una operación gravada al 0 %.
Servicios de psicología exentos de IVA y actividades que pueden estar sujetas
Una de las principales dificultades fiscales de los profesionales de la psicología aparece cuando combinan diferentes tipos de servicios.
No todas las actividades desarrolladas por un psicólogo tienen necesariamente el mismo tratamiento de IVA.
Psicoterapia y asistencia psicológica sanitaria
Las prestaciones de asistencia psicológica con finalidad de prevención, diagnóstico o tratamiento, cuando cumplen los requisitos legales, pueden acogerse a la exención del artículo 20.Uno.3.º.
Esto puede incluir intervenciones sanitarias presenciales y online, sin que el formato de la sesión determine por sí solo la aplicación de la exención.
Evaluaciones e informes psicológicos
El tratamiento fiscal depende de la finalidad de la evaluación.
Una evaluación realizada como parte de un proceso diagnóstico o terapéutico sanitario puede tener un tratamiento diferente del de un informe elaborado exclusivamente para una finalidad jurídica, laboral o administrativa.
Por tanto, no todas las evaluaciones psicológicas deben configurarse automáticamente como exentas.
Peritajes psicológicos
Los peritajes realizados para valorar cuestiones relevantes en un procedimiento judicial generalmente no tienen como finalidad directa la prevención, diagnóstico o tratamiento sanitario de una enfermedad.
En consecuencia, pueden quedar sujetos y no exentos de IVA, de acuerdo con las circunstancias concretas.
Antes de facturarlos debe comprobarse su naturaleza fiscal.
Formación, cursos y talleres
La actividad docente cuenta con sus propias reglas de exención, distintas de las correspondientes a la asistencia sanitaria.
Un curso impartido por un psicólogo no está automáticamente exento por el hecho de que su contenido trate sobre psicología o salud mental.
Será necesario comprobar si cumple los requisitos de alguna de las exenciones educativas previstas legalmente.
Consultoría y servicios para empresas
Los servicios de consultoría organizativa, selección de personal o asesoramiento empresarial pueden estar sujetos a IVA cuando no cumplen las condiciones de una exención legal.
La titulación del profesional no convierte todas sus actividades económicas en prestaciones sanitarias.
Alquiler de despachos profesionales
Una clínica que alquila despachos a profesionales puede desarrollar una actividad fiscalmente distinta de la prestación de asistencia sanitaria.
Con carácter general, el arrendamiento de locales o despachos para uso profesional está sujeto y no exento de IVA, salvo circunstancias particulares que exijan un tratamiento diferente.
En los modelos donde se combinan arrendamiento y otros servicios, conviene analizar la naturaleza económica y jurídica de las prestaciones.
Ejemplo: una clínica que presta servicios exentos y no exentos de IVA
Imaginemos una clínica de psicología que desarrolla las siguientes actividades durante un mes:
- Sesiones de psicoterapia sanitaria.
- Evaluaciones psicológicas con finalidad asistencial.
- Un peritaje psicológico para un procedimiento judicial.
- Un servicio de consultoría empresarial.
Supongamos, a efectos ilustrativos, que las dos primeras actividades cumplen los requisitos de la exención sanitaria y que las otras dos están sujetas al tipo general del 21 %.
| Servicio | Base | Tratamiento | Total |
|---|---|---|---|
| Psicoterapia sanitaria | 70,00 € | Exento | 70,00 € |
| Evaluación sanitaria | 150,00 € | Exento | 150,00 € |
| Peritaje psicológico | 300,00 € | 21 % | 363,00 € |
| Consultoría empresarial | 200,00 € | 21 % | 242,00 € |
Este ejemplo demuestra por qué no es aconsejable configurar todos los servicios de una clínica bajo una única categoría fiscal.
Cada actividad necesita el tratamiento que realmente le corresponde.
Si se utiliza un sistema informático de facturación sujeto al reglamento, los registros generados también deberán reflejar correctamente estas diferencias.
Además, la realización conjunta de actividades exentas y no exentas puede tener consecuencias sobre el derecho a deducir el IVA soportado, incluyendo la posible aplicación de reglas de prorrata.
Este último aspecto debe analizarse con la asesoría fiscal según las actividades desarrolladas y las circunstancias de la entidad.
¿Los psicólogos están obligados a emitir factura si la terapia está exenta de IVA?
Sí, en los supuestos establecidos por el Reglamento de obligaciones de facturación.
En particular, la normativa mantiene la obligación de expedir factura para las prestaciones exentas comprendidas en el artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA.
Esto significa que la exención sanitaria no elimina por sí misma la obligación de documentar mediante factura las prestaciones realizadas.
Conviene recordar que el Reglamento contempla determinadas excepciones a la obligación de facturar para otras operaciones exentas, pero las prestaciones sanitarias del artículo 20.Uno.3.º tienen un tratamiento específico.
Una clínica no debería interpretar que puede prescindir de las facturas simplemente porque no repercute IVA por sus sesiones sanitarias.
La documentación debe emitirse conforme a las reglas aplicables a la operación, incluyendo los supuestos en los que pueda utilizarse una factura simplificada.
¿Qué debe incluir una factura exenta de IVA emitida por una clínica?
Cuando corresponde expedir una factura completa, el documento debe contener los datos exigidos por el Reglamento de obligaciones de facturación.
Entre ellos se encuentran:
- Número y, en su caso, serie de la factura.
- Fecha de expedición.
- Identificación fiscal del emisor.
- Datos obligatorios del destinatario.
- Descripción de la prestación realizada.
- Importe de la operación.
- Referencia a la exención de IVA o indicación de que la operación está exenta.
- Fecha de prestación del servicio cuando corresponda y sea distinta de la expedición.
Una mención habitual en una factura sanitaria es:
Operación exenta de IVA conforme al artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992.
Si la factura se expide mediante un sistema informático sujeto al reglamento de VeriFactu, también deberá incorporar los elementos establecidos para ese sistema, como el código QR tributario.
En la modalidad VERI*FACTU se incluirá, además, la identificación correspondiente a las facturas verificables.
¿Las facturas exentas de IVA deben llevar código QR con VeriFactu?
Cuando una factura se expide mediante un sistema informático sujeto al Real Decreto 1007/2023, debe incorporar el código QR tributario exigido por el reglamento.
Esta obligación no desaparece porque la operación facturada esté exenta de IVA.
El código QR no determina el tratamiento tributario de la prestación ni convierte una operación exenta en una operación gravada.
Su finalidad está relacionada con la identificación y comprobación fiscal de la factura.
Es importante señalar que tanto las facturas emitidas mediante sistemas VERI*FACTU como las emitidas mediante sistemas NO VERI*FACTU afectados por el reglamento deben incorporar el código QR tributario correspondiente.
La diferencia entre ambas modalidades se encuentra principalmente en la remisión continuada de registros y en los requisitos técnicos específicos de cada sistema.
¿Qué datos de los pacientes se incluyen en los registros de VeriFactu?
La facturación de servicios sanitarios requiere especial atención a la protección de datos personales.
Los registros fiscales pueden contener información identificativa y económica del destinatario cuando la normativa la exija.
Sin embargo, una factura no debe utilizarse como documento clínico.
Por tanto, no resulta necesario incorporar sistemáticamente datos como:
- Diagnósticos psicológicos.
- Resultados de pruebas clínicas.
- Contenido de las sesiones.
- Antecedentes de salud mental.
- Información personal ajena a la finalidad fiscal.
Una descripción proporcionada, como «Servicio de psicología sanitaria», puede permitir identificar la operación sin revelar información clínica innecesaria.
La clínica debe aplicar el principio de minimización de datos y configurar adecuadamente los permisos de acceso a la información económica y sanitaria.
La modalidad VERI*FACTU no implica la remisión de historias clínicas a la Agencia Tributaria.
Cómo gestionar facturas exentas de IVA cuando trabajan varios profesionales
En las clínicas con varios psicólogos y otros profesionales sanitarios, además del tratamiento fiscal de cada servicio, es necesario determinar quién debe emitir la factura.
Podemos distinguir dos modelos habituales.
La clínica factura directamente al paciente
Cuando la entidad titular de la clínica es quien presta jurídicamente el servicio al paciente, será responsable de emitir la factura correspondiente.
La operación podrá acogerse a la exención sanitaria si reúne los requisitos legalmente previstos.
El profesional autónomo factura directamente al paciente
En otros modelos, cada profesional desarrolla su propia actividad y emite sus facturas de manera independiente.
En este caso, el psicólogo será responsable de aplicar correctamente las obligaciones fiscales de su actividad.
La clínica podrá emitir, a su vez, facturas por los servicios que realmente preste al profesional, como el arrendamiento de despachos o determinados servicios administrativos.
No debe confundirse la exención de la asistencia psicológica al paciente con el tratamiento fiscal de los servicios que una clínica presta a sus colaboradores.
Ambas operaciones pueden tener tratamientos distintos.
¿Cómo afectan las facturas exentas de IVA a los registros y declaraciones fiscales?
Una operación exenta de IVA no carece de relevancia fiscal.
Cuando existe obligación de expedir factura, la información debe incorporarse a los registros fiscales que correspondan según las obligaciones del empresario o profesional.
La Agencia Tributaria contempla expresamente el registro de operaciones exentas en el libro registro de facturas expedidas, utilizando las claves de exención correspondientes.
Sin embargo, las obligaciones relativas a los libros registro y declaraciones periódicas pueden variar según el tipo de actividad desarrollada.
Por ejemplo, un profesional que realiza exclusivamente determinadas operaciones exentas puede encontrarse en una situación diferente de una clínica que combina asistencia sanitaria con servicios sujetos y no exentos.
Por eso, no debe asumirse que la obligación de emitir facturas con VeriFactu implica necesariamente presentar las mismas declaraciones de IVA en todos los casos.
La emisión y registro de facturas y las obligaciones de autoliquidación son cuestiones relacionadas, pero jurídicamente distintas.
Errores habituales con VeriFactu y las facturas exentas de IVA
La configuración incorrecta del tratamiento fiscal puede generar errores repetidos en la facturación de una clínica.
1. Confundir exento con IVA al 0 %
Una operación exenta debe identificarse con la causa de exención correspondiente y no tratarse automáticamente como una operación gravada al tipo cero.
2. Considerar exentas todas las actividades de un psicólogo
La exención depende de la naturaleza y finalidad del servicio. Los peritajes, la consultoría y otras actividades pueden recibir tratamientos diferentes.
3. Suponer que las facturas exentas quedan fuera de VeriFactu
La exención de IVA no constituye una exclusión general del reglamento de sistemas informáticos de facturación.
4. Utilizar un emisor incorrecto
En clínicas con profesionales autónomos colaboradores es necesario identificar correctamente la persona o entidad que realiza cada prestación.
5. Incluir información clínica innecesaria
Las facturas deben cumplir su finalidad fiscal respetando la confidencialidad de los pacientes.
6. Configurar todos los servicios con el mismo tratamiento
Una clínica que combina asistencia sanitaria con actividades de otra naturaleza debe revisar individualmente la clasificación fiscal de cada servicio.
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La correcta gestión fiscal de una clínica no depende únicamente de emitir facturas, sino también de mantener organizada la información de servicios, profesionales, sesiones y pagos.
ClinicPocket es un software de gestión especializado en psicólogos y centros sanitarios que integra distintas herramientas administrativas dentro de una misma plataforma.
Entre sus funcionalidades se encuentran:
- Gestión de citas y agenda profesional.
- Organización de pacientes.
- Gestión de diferentes servicios.
- Seguimiento de pagos y cobros.
- Gestión de bonos de sesiones.
- Herramientas de facturación.
- Control económico y administrativo de la clínica.
La utilización de un sistema integrado permite organizar los servicios sanitarios y otras actividades del centro, reduciendo la necesidad de mantener registros independientes.
Para gestionar correctamente las facturas exentas de IVA, es importante que el tratamiento fiscal de cada servicio esté configurado conforme a sus características reales y a las posibilidades del módulo de facturación.
También debe comprobarse la documentación de conformidad del sistema respecto de los requisitos normativos aplicables.
Si quieres conocer las posibilidades de facturación del programa, consulta nuestro artículo Cómo facturar con ClinicPocket con y sin VeriFactu.
La finalidad es que la gestión económica de la clínica resulte más ordenada sin perder de vista las particularidades fiscales y administrativas de cada actividad.
Preguntas frecuentes sobre VeriFactu y facturas exentas de IVA
¿Una factura exenta de IVA debe cumplir VeriFactu?
Puede estar sujeta a los requisitos del reglamento cuando exista obligación de expedir factura y se cumplan las restantes condiciones de aplicación. La exención de IVA no supone una exclusión automática.
¿Los psicólogos sanitarios tienen que utilizar VeriFactu aunque sus sesiones estén exentas?
Los psicólogos incluidos en el ámbito del reglamento deberán utilizar sistemas informáticos conformes cuando les resulte exigible. La exención de IVA de sus servicios no elimina por sí sola estas obligaciones.
¿Qué código de exención corresponde a una sesión de psicoterapia sanitaria?
En los formatos que emplean las claves E1 a E6, las operaciones exentas del artículo 20 de la Ley del IVA se identifican generalmente mediante E1. El código debe aplicarse conforme a las especificaciones del registro utilizado.
¿Una factura exenta de IVA debe incluir una referencia legal?
En las facturas completas debe indicarse que la operación está exenta o incluir una referencia a la disposición que establece la exención. Para los servicios sanitarios puede utilizarse la referencia al artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992 cuando resulte aplicable.
¿VeriFactu obliga a añadir un 21 % de IVA a la psicoterapia?
No. VeriFactu no modifica los tipos impositivos ni elimina las exenciones previstas por la legislación tributaria. Los servicios sanitarios que cumplen los requisitos legales mantienen su exención.
¿Puedo emitir facturas exentas y facturas con IVA desde una misma clínica?
Sí. Una clínica puede desarrollar actividades con diferentes tratamientos fiscales. Cada operación debe clasificarse correctamente y facturarse por el sujeto que corresponda.
¿Un peritaje psicológico está exento de IVA?
No necesariamente. Los peritajes cuya finalidad es exclusivamente judicial o pericial suelen quedar fuera de la exención sanitaria de asistencia, sin perjuicio de que deban examinarse las circunstancias concretas del servicio.
¿Las facturas de terapia online también pueden estar exentas?
Sí. Cuando la prestación reúne los requisitos legales de asistencia sanitaria, su realización mediante videoconferencia no elimina por sí sola la exención.
¿La Agencia Tributaria recibe datos clínicos del paciente mediante VeriFactu?
Los registros fiscales no equivalen a historias clínicas. Pueden contener datos identificativos y económicos exigidos por la normativa, pero no deben incorporar innecesariamente diagnósticos ni contenidos de las sesiones.
¿Un profesional que solo realiza actividades exentas debe presentar el modelo 303?
No necesariamente. Las obligaciones de presentación dependen del régimen tributario y de las actividades realizadas. Determinados sujetos que efectúan exclusivamente operaciones exentas pueden quedar dispensados de presentar autoliquidaciones periódicas de IVA, sin que ello elimine otras obligaciones fiscales.
Conclusión: estar exento de IVA no significa estar exento de facturar correctamente
La relación entre VeriFactu y las facturas exentas de IVA es especialmente importante para los psicólogos y otros profesionales sanitarios.
Las prestaciones de asistencia sanitaria que cumplen los requisitos legales pueden continuar exentas de IVA, pero esta circunstancia no elimina automáticamente la obligación de expedir factura ni los requisitos aplicables al sistema informático utilizado.
Además, una clínica puede desarrollar actividades con tratamientos fiscales diferentes, por lo que resulta esencial clasificar correctamente cada servicio.
Una facturación adecuada debe combinar el cumplimiento de la normativa fiscal, una organización administrativa eficiente y el respeto a la confidencialidad de los pacientes.
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Normativa y fuentes oficiales
- Ley 37/1992 del Impuesto sobre el Valor Añadido. Artículo 20.Uno.3.º.
- Real Decreto 1619/2012. Reglamento de obligaciones de facturación.
- Real Decreto 1007/2023. Requisitos de los sistemas informáticos de facturación.
- Agencia Tributaria. Obligación de facturar y excepciones.
- Agencia Tributaria. Información sobre sistemas informáticos de facturación y VERI*FACTU.



